Levantar, monitorar e controlar todos os dados da área financeira é outra ferramenta do Protheus que pode ser implementada para aperfeiçoar os processos, evitando eventuais equívocos ou fraudes e garantindo a confiabilidade e segurança da empresa para a tomada de decisões. Nesta área, o Protheus controla todo o fluxo de caixa (entradas e saídas), emissões de créditos e débitos futuros, bem como movimentações bancárias.